Somente após uma conspiração tramada por Touji Mizuki para fazê-lo roubar o pergaminho proibido de Konoha que continha os passos da técnica de selamento, Naruto descobre o motivo do ódio (pela boca de Mizuki): ele tem a Kyuubi dentro de si. Mizuki o considera uma raposa, que merece morrer. Quando vai matá-lo, Iruka o salva, ficando gravemente ferido. Naruto se emociona com as palavras de Iruka e decide acabar com Mizuki: usando o jutsu que ele aprendeu no pergaminho (o primeiro passo para a técnica de selamento, o único que ele aprendeu), Kage Bunshin no Jutsu, Naruto o derrota, e vira um ninja de verdade.
Após a gradução na Academia Ninja, Naruto é posto no Time 7 do jounin Hatake Kakashi junto com seus colegas de classe Uchiha Sasuke e Haruno Sakura. O motivo de ter sido posto neste time foi para balancear as forças, já que Naruto era o pior aluno da classe, e Sasuke, o melhor. Mesmo com tanta discrepância no nível das habilidades, Naruto considerava Sasuke como um rival, tanto nas artes ninja quanto pelo amor da ninja Haruno Sakura (apesar dela detestar Naruto naquele tempo).
Num “exame final” dado por Hatake Kakashi, Naruto aprende, dolorosamente, a antiga e suprema técnica da Vila Oculta da Folha, Sennen Goroshi (erroneamente conhecida como Mil Anos de Dor). Eles aprendem na marra que o importante para um ninja é seguir as regras, mas não à risca, de acordo com o caso, que o ninja tem que ler nas entrelinhas e sempre se preocupar com seu companheiro, aumentando seu trabalho em equipe, sem esquecer de se desenvolver individualmente.
Naruto passa por várias outras missões e faz novos amigos. Antes conhecido como um lixo, o pior da sala, ele mostra que é realmente bom, vencendo lutas, criando amizades e confianças, e mudando a cabeça de muitos, como Hyuuga Neji e Tsunade.