Um vilarejo ninja, de nome Konoha, recebeu um dia uma visita inesperada: o bijuu Kyuubi (uma raposa gigante de nove caudas) apareceu destruindo tudo o que encontrava. Ninjas morreram, casas foram destruídas, até que aparece o Hokage do vilarejo, o líder, o Yondaime (Quarto) Hokage. Chamado por muitos de o ninja mais forte, o Relâmpago Amarelo de Konoha, ele lutou contra a Kyuubi com a ajuda do rei dos sapos, Gama Bunta. Vendo que não tinha como ganhar, usou uma técnica proibida: ele selaria essa raposa dentro do corpo de uma criança e morreria no processo. Assim ele fez, e o escolhido foi Uzumaki Naruto. O Hokage anterior, Sandaime Hokage, voltou ao posto e proibiu qualquer pessoa que soubesse do passado do Naruto e da Kyuubi de contar para qualquer um (em especial Naruto), escondendo informações.
Naruto cresceu sem pais, sem conhecer ninguém de sua família, ajudado por um programa do vilarejo. Por causa da Kyuubi, todos os adultos o desprezavam, e seus filhos como consequência sem nem saber o porque não gostavam dele. Por ele ser sozinho, tentou arranjar amigos. Não era bom nas técnicas ninjas (salvo as técnicas pervertidas, no que era mestre), e por isso decidiu chamar a atenção, e resolveu ser Hokage, virando o maior ninja de todos os tempos. A única pessoa a realmente notá-lo foi seu professor da Academia, Umino Iruka, que virou um pai que ele nunca teve.